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Un autre fait qui met les évolutionnistes dans l'embarras à propos de l'explosion cambrienne consiste dans les comparaisons entre les différentes taxa. Les résultats de ces comparaisons révèlent que les taxa animales considérées par les évolutionnistes jusqu'à très récemment comme des "parents proches" sont génétiquement très différentes. Il s'agit ici d'une conclusion encore plus embarrassante pour l'hypothèse de "la forme intermédiaire". Un article publié par National Academy of Sciences en 2000 indique que les analyses ADN ont destitué les taxa qui étaient considérées comme des "formes intermédiaires” par le passé:
Les analyses des séquences ADN imposent une nouvelle interprétation des arbres phylogéniques. Les taxa, qui furent jadis considérées des témoins de degrés successifs de complexité à la base de l'arbre métazoaire, sont maintenant déplacées vers des positions supérieures dans l'arbre. Ceci ne laisse aucun "intermédiaire" évolutionniste et nous pousse à repenser la genèse de la complexité des animaux à symétrie bilatérale...1
Dans ce même article, les écrivains évolutionnistes indiquent que certaines taxa considérées "intermédiaires" entre deux groupes tels que les éponges, les cnidaires et les cténophores ne peuvent plus être considérées comme tels à cause des découvertes génétiques et qu'ils "ont perdu espoir" dans la possibilité de pouvoir construire de tels arbres généalogiques évolutionnistes:
La nouvelle phylogénie basée sur la molécule comporte plusieurs implications. La plus importante parmi celles-ci est la disparition du taxon "intermédiaire" entre les éponges, les cnidaires, les cténophores et le dernier ancêtre commun des animaux à symétrie bilatérale ou Urbilateria... Or, nous avons une faille majeure dans la tige qui mène vers l'Urbilateria. Nous avons perdu l'espoir, qui nourrissait jadis le raisonnement évolutionniste, de pouvoir reconstruire la morphologie de l'"ancêtre cœlomate" à travers un scénario impliquant des étapes successives d'une complexité croissante basée sur l'anatomie des lignées "primitives" existantes.2
1 The New Animal Phylogeny: Reliability And Implications, Proc. of Nat. Aca. of Sci., 25 avril 2000, vol. 97, no. 9, pp. 4453-4456.
2 Ibid.